Sejarah mencatat, pada tanggal 10 November 1962, di kota baru (Jayapura sekarang) berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 389, tanggal 31 Desember 1962 dan Keputusan bersama WAMPA/Koordinator Urusan Irian Barat (sekarang Papua), dan Menteri PTIP. No. 140/PTIP/1962 berdirilah Universitas Cenderawasih. Itu artinya, Universitas Cenderawasih merupakan universitas pertama di tanah Papua yang menjadi jawaban bagi masyarakat Papua dalam menimba ilmu sampai ke jenjang perguruan tinggi. Saat ini Universitas Cenderawasih memiliki 9 Fakultas dengan 1 program Pascasarjana yang di dalamnya terdapat disiplin-disiplin ilmu yang beragam.

Awal penyelenggaraan program pendidikan bagi calon guru Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (POK) di Papua dimulai pada tahun 1984 dengan jenjang Diploma Dua (D II) yang dimotori oleh Drs. M. Soemarto (Almarhum) dan Drs. Ismail Rumbiak, M.Kes dibawah binaan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Cenderawasih (UNCEN). Kemudian , pada tahun 1990 seiring dengan kebutuhan masyarakat dan kemajuan zaman maka program studi Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (POK) meningkat jenjangnya menjadi Diploma Tiga (D III). Enam tahun setelah itu, Tepatnya pada tahun 1996 Prodi POK meningkat lagi jenjangnya menjadi Strata Satu (S 1). Dengan Perubahan jenjang tersebut maka kurikulum prodi POK pun Berubah Sesuai dengan peraturan Perundang-undangan yang berlaku.

Masih dalam tahun yang sama yaitu pada tanggal 11 Juli 1996 berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud R.I. No. 246/DIKTI/KEP/96 Program Studi Pendidikan Olahraga dan Kesehatan FKIP Uncen berubah namanya menjadi Program Studi Pendidikan Jasmani Kesehatan dan Rekreasi (Penjaskesrek) hingga sampai sekarang. Pertanyaannya kemudian, berapakah jumlah dosen di Prodi Penjaskesrek? Sejak tahun 2008 jumlah tenaga dosen di Prodi Penjaskesrek tercatat sebanyak 15 orang dengan kualifikasi pendidikan S3 sejumlah 3 orang, S2 sebanyak 7 orang, dan S1 sebanyak 5 orang dosen. Sedangkan dosen yang sedang menempuh studi S2 sebanyak 5 orang dosen dan S3 sebanyak 2 orang dosen.

Atas prakarsa Kaprodi Bapak Drs. Ismail Rumbiak, M.Kes dan staff dosen Penjaskesrek menjadi fakultas. Untuk mendukung tujuan tersebut maka pada tahun 2009 dilakukan kajian akademik dan studi banding kebeberapa tempat seperti, FIK UNESA, FIK UNY, FIK UNIMED, dan FIK Universitas Negeri Malang.
Dengan dasar kajian akademik, studi banding, dukungan dari Kementerian Pemuda dan Olahraga, Senat Universitas Cenderawasih, Dekan FKIP Uncen, Ketua Jurusan Ilmu Pendidikan Uncen serta surat pernyataan dari dosen Penjaskesrek maka proposal pendirian Fakultas Ilmu Keolahragaan berhasil diselesaikan. Itu artinya, cikal bakal Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK) diawali dari Program Studi Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi (Penjaskesrek).

Tidak berselang lama setelah Proposal pendirian FIK Uncen dibuat, yaitu pada tahun 2011 keluarlah Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Uncen dengan Nomor 27 Tahun 2011 yang dikeluarkan oleh Menteri Pendidikan Nasional. Melalui OTK tersebut maka secara resmi FIKmenjadi Fakultas ke-IX di Universitas Cenderawasih dengan 2 Jurusan/Prodi yaitu jurusan Penjaskesrek dan Jurusan Ilmu Keolahragaan (IKOR). Oleh karena itu pada tanggal 1 November 2011 dilantiklah Dekan dan Pembantu Dekan Fakultas Ilmu Keolahragaan serta disusul Kelengkapan tenaga Kependidikan di Lingkungan FIK oleh Rektor Prof. Dr. Balthasar Kambuaya, MBA. Artinya, sejak saat itu hak dan kewajiban sebagai Unit/Fakultas yang berada dalam bagian Uncen mulai berjalan.

Pada tahun 2012 FIK memulai melaksanakan tri darma perguruan tinggi, administrasi akademik, administrasi kepegawaian dan keuangan serta hal-hal lain yang melekat sebagai Fakultas. Sebagai fakultas baru maka FIK melakukan penerimaan mahasiswa baru mulai pada semester ganjil tahun akademik 2012/2013. Untuk Prodi Penjaskesrek dilakukan penerimaan mahasiswa baru sebanyak 120 orang sedangkan Ikor 35 orang. Pada tahun akademik 2013/2014 penerimaan mahasiswa baru Penjaskesrek sebanyak 95 orang sedangkan Ikor 35. Untuk tahun akademik 2014/2015 penerimaan mahasiswa baru Penjaskesrek sebanyak 65 orang sedangkan Ikor 56. Kemudian pada tahun akademik 2015/2016 penerimaan mahasiswa baru Penjaskesrek sebanyak 55 orang sedangkan Ikor 74. Tahun akademik 2016/2017 penerimaan mahasiswa baru hanya dilakukan pada Prodi Ikor yaitu sebanyak 84 orang. Jadi, total keseluruhan mahasiswa di FIK Uncen sebanyak 619 mahasiswa. Dengan rincian mahasiswa Penjaskesrek sebanyak 335 dan Ikor sebanyak 284 mahasiswa.

Fakultas Ilmu Keolahragaan Universitas Cenderawasih (FIK UNCEN) saat ini terdiri dari dua program studi, yakni Ilmu Keolahragaan (IKOR) dan Pendidikan Kepelatihan Olahraga (PKO). Dibentuk berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional No. 27/H20/KL/2011, FIK UNCEN resmi berdiri sejak 2 November 2011. Program studi IKOR didirikan berdasarkan SK Pendirian Nomor: 60/KPT/1/2015, sementara PKO didirikan berdasarkan SK Pendirian Nomor: 417/E/0/2021. Dua program studi ini bertujuan untuk menyediakan pendidikan tinggi yang berkualitas dalam bidang ilmu olahraga, baik dalam aspek keolahragaan maupun kepelatihan.